在留資格の申請においては、基本的に納税証明書の提出が求められています。提出書類一覧に記載されていますので、必須書類といえます。ということは、それがなければ、他が完璧でも入管では受け付けてくれません。
何かしらの事情で、例えば、やむを得ない事情で無職の期間が長かった、やむを得ない事情で海外にずっといたなど、納税できずにいた場合、納税証明書が準備できないなどの事情も発生するかもしれません。やむを得ない事情なのに受理されない。事情を汲んでくれればいいのですが、そのままの申請では門前払いがオチです。
行政書士は入国管理局含め行政機関と地域住民の橋渡しの役を担っています。行政法などの知識を持たない地域住民と行政庁の職員では、やりあう前に自ずからハンディを背負わざるを得ません。丁寧な手続きを踏めば、先ほど挙げた事例でもリカバリー可能な場合も多々あるのです。とにかく、レアケースが発生した場合は行政書士に相談することをお勧めします。